En realidad no es tan difícil y reflexionando llegué a una conclusión, por si a alguien le interesa ahí va:
En Nodejs lo normal es iniciar npm por cada aplicación, así cada una tiene su propio package.json y sus dependencias. Lo que me preguntaba es que si tengo N aplicaciones que comparten las mismas dependencias, si era factible que las compartieran.
Es decir, que todas hagan referencia al mismo package.json. Pero además de que no sé si sea posible, concluí que es mejor que cada una mantenga sus propias dependencias, no importa que sean las mismas pues en un futuro puede que ya no y si …