g-block elements

pH13

8:46 AM

@Martin-マーチン ME NEEDZ HALP

Martin - マーチン

@pH13 Thou haveth shouted?

pH13

in der tat

ich habe mich gestern daran machen wollen, mit gaussian custom defined functionals zu basteln

Martin - マーチン

hahahahahahahahaha

pH13

hast du sowas schonmal gemacht, oder immer nur den predefined krams genutzt?

Martin - マーチン

(╯°□°）╯︵ ┻━┻

nee sowas hab ich noch nicht gemacht

pH13

8:50 AM

das ist äußerst WTF

Martin - マーチン

das einzige was ich schonmal gemacht hab ist einen basis satz aus emsl rauszukopieren und bei g09 einzuf"ugen....

ü

pH13

ok, das mach ich häufig :D

Martin - マーチン

ich mach das nicht mehr, seit die def2 implementiert worden...

was genau hast du denn vor?

pH13

@Martin-マーチン jo, werde ich dann auch nicht mehr xD

@Martin-マーチン ich wollte mal ein bisschen mit den beiträgen rumspielen und gucken was passiert

Martin - マーチン

immer noch kein update bekommen?

pH13

8:53 AM

nope

das wird das nächste mal am 27. besprochen xD

Martin - マーチン

hach... dann mal viel glück...

pH13

so .. aber jetzt zu dem custom schrott

Martin - マーチン

ja... erzähl mal...

pH13

B3LYP ist laut der DFT-Seite von gaussian beschrieben als:

A*E_X^Slater+(1-A)*E_X^HF+B*ΔE_X^Becke+C*E_C^LYP+(1-C)*E_C^VWN

A, 1-A, B, C, 1-C

Martin - マーチン

gib ma link

pH13

8:55 AM

gaussian.com/g_tech/g_ur/k_dft.htm

weiter unten sind dann die custom defined functionals beschrieben als

P2 E_X^HF + P1 (P4 E_X^Slater + P3 ΔE_x^non-local) + P6 E_C^local + P5 ΔE_C^non-local

Martin - マーチン

okay

pH13

P1 = 1 oder 0
P2 = 1-A
P3 = B
P4 = A
P5 = C
P6 = 1-C

weiterhin steht geschrieben, dass B3LYP zB so funktioniert:
#P BLYP IOp(3/76=1000002000) IOp(3/77=0720008000) IOp(3/78=0810010000)

[...]

Martin - マーチン

joah ich folge

pH13

also 3/76=P1P2, 3/77=P3P4 und 3/78=P5P6

P1 = 1, P2 = 0.2, P3 = 0.72, P4 = 0.8, P5 = 0.81 und P6 = 1

Martin - マーチン

ja

pH13

9:00 AM

jetzt gucke bitte speziell was P5 und P6 angeht auf die definition von eben

soll: P5 + P6 = 1
ist: P5 + P6 = 1.81

...

Martin - マーチン

moment... ich muss da mal drüber nachdenken

okay... ich hab drüber nachgedacht....

pH13

erleuchte mich :)

Martin - マーチン

scheint nicht richtig zu stimmen

pH13

zu dem schluss bin ich auch gekommen

Martin - マーチン

jetzt ist da nur die frage, wo ist der fehler

pH13

9:07 AM

und das ist wohl der grund, weshalb es in Turbomole, ORCA, NWChem, ... jeweils ein B3LYP und ein B3LYP a la Gaussian gibt

Martin - マーチン

hahaha...

nee das ist glaub ich nicht der einzige grund

pH13

was denkst du noch?

Martin - マーチン

ich dachte immer die anderen implementierungen benutzen (V) anstelle von VWN(III)

pH13

sowas gibts auch noch, ja xD

Martin - マーチン

so... jetzt passts

pH13

9:10 AM

jop

ich guck mal, was orca mir im output erzählt

@Martin-マーチン das stimmt für orca, ja ... dann wirds so auch mit den andren sein können. habe bisher bschrieben nur von NWChem eine andere version von B3LYP gefunden

mit ORCA:

B3LYP:
182 Hamiltonian:
183  Density Functional     Method          .... DFT(GTOs)
184  Exchange Functional    Exchange        .... B88
185    X-Alpha parameter    XAlpha          ....  0.666667
186    Becke's b parameter  XBeta           ....  0.004200
187  Correlation Functional Correlation     .... LYP
188  LDA part of GGA corr.  LDAOpt          .... VWN-5
189  Gradients option       PostSCFGGA      .... off
190  Hybrid DFT is turned on
191    Fraction HF Exchange ScalHFX         ....  0.200000

die haben da auch die 1 ... hmmm

Martin - マーチン

hmmmm

pH13

nwchem-sw.org/index.php/… da gibts unter Exchange-Correlation functionals eine Beschreibung von B3LYP mit "richtiger" addition

bzw unter Combined Exchange and Correlation Functionals

Martin - マーチン

ja also ich hab da jetzt keine ahnung....

ich muss da mal ein bissi tiefer einsteigen

pH13

ich guck eben, was turbomole mir erzählt

Martin - マーチン

9:30 AM

was zum teufel ist überhaupt non-local für eine beknackte bezeichnung....

pH13

^^

 b3-lyp          | HYB  | 0.8S+0.72B88   | 0.19VWN(V)     | 1-3,5,6,10
                 |      | +0.2HF         | +0.81LYP       |
 b3-lyp_Gaussian | HYB  | 0.8S+0.72B88   | 0.19VWN(III)   | 1-3,5,6,10
                 |      | +0.2HF         | +0.81LYP       |

und das erzählt mir turbomole

Martin - マーチン

ja....

pH13

die rechnen mit "richtigen" zahlen und anderen funktionalen

Martin - マーチン

so hätte ich das auch erwartet

pH13

jetzt haben wir 3 programme und 3 versionen xD

ich schreib dazu jetzt eine große frage

vllt weiß ja irgendwer bescheid

Martin - マーチン

9:38 AM

na mach mal...

also dieser p6 parameter ist verwirrend...

vor allem weil er vor p5 kommt

pH13

ja gut ... p2 kommt aber auch vor p1 xD

Martin - マーチン

warum man p1 braucht ist mir sowieso unklar

pH13

nur falls man mal keine lust auf exchange hat

Martin - マーチン

dann kann man auch p3 und p4 auf null setzen...

die kommen auch in falscher reihenfolge...

pH13

kann man xD

hat vllt mal ein azubi programmiert und dann wurde es nie wieder geändert g

Martin - マーチン

9:49 AM

Haha... Möglich, aber da g das funktional erfunden hat eher unwahrscheinlich...

pH13

^^

Martin - マーチン

Die haben bestimmt gedacht.... Zu einleuchtend, das müssen wir undurchsichtiger machen

pH13

xD

auch möglich

nwchem entscheidet sich für sein b3lyp nicht für vwn-3 oder -5 sondern für vwn-1-rpa ... was machen die denn alle? xD

Martin - マーチン

Ja irgend so ein Vogel ist eben mal auf die Idee gekommen was einzubauen und dann hat das jeder nachgemacht und keine Ahnung

Schon aus den Grund sollte man das funktional meiden

pH13

^^

Martin - マーチン

9:58 AM

Aber ein ähnliches Problem hat ja BP auch

pH13

was ist da das problem?

Martin - マーチン

III vs V

ich hab gerade mal custom versus implemented gemacht...

die parameter stimmen schon...

also die die im handbuch gegeben sind sind tatsächlich die von der implementierung

pH13

jop, hab das auch überprüft

das machts nicht besser

Martin - マーチン

aber wenigstens consistent

pH13

wer weiß, wie lange das gedauert hat, bis der fehler bemerkt wurde. dann war konsistenz sicher das geringere übel

Martin - マーチン

10:08 AM

wenn es ein fehler ist...

orca macht es doch auch so...

vielleicht ist es ganz einfach und wir übersehen da was

ich hab da so ne befürchtung...

pH13

ich hoffe auf das übersehen

was ist die befürchtung?

Martin - マーチン

P2EXHF + P1(P4EXSlater + P3ΔExnon-local) + P6[(1-P5)EClocal + P5ΔECnon-local]

einfach ein paar klammern unterschlagen

pH13

hm .. :D

das wäre die allerbeste idee xD

Martin - マーチン

aber....

10

Q: How is B3LYP implemented in Gaussin 0*, GAMESS-US, Molpro, ... etc?

Specifically I want to extend work involving B3LYP started with Gaussian 03 but continued with GAMESS-US. The energies provided by the default B3LYP methods are not the same. There is a discussion about this in the GAMESS-US manual (Further Information section): Note that B3LYP in GAMESS is b...

pH13

-18% lyp???

ah ne ... ist nur der bindestrich

@Martin-マーチン da steht aber auch nichts hilfreiches, oder?

Martin - マーチン

10:18 AM

nö...

nur
> iop(3/78=0810010000) - 81% LYP non-local correlation, plus 100% of the V5LYP VWN5 local correlation.

pH13

jop, das ist halt das, was man aus der beschreibung zu erwarten hat

aber das heißt nicht, dass es so richtig ist

Martin - マーチン

stimmt...

hier haben wir mal was von gamess:

> B3LYP HFexch 0.20 slater 0.80 \
becke88 nonlocal 0.72 \
lyp 0.81 vwn_5 0.19

das sieht nach dem aus was turbomole macht

pH13

molpro nimmt auch 0.19 und 0.81

wir sind die TCTF ... theo chem task force!

Martin - マーチン

und dann haben wir eine weitere variante, die dann dem von NWCHEM entspricht

> B3LYPV1R b3lyp
or, if you like to type:
HFexch 0.20 slater 0.80 \
becke88 nonlocal 0.72 \
lyp 0.81 vwn_1_rpa 0.19

pH13

die eine antwort von [SC] meint, dass vwn_1_rpa = vwn-3 wäre

aber das wichtige ist, denk ich, dass in beiden versionen "richtig" 0.19+0.81=1 steht

so ... erstmal Mittag

Martin - マーチン

10:30 AM

guten hunger... ich geh bald heim :D

@pH13 ja das stimmt...

pH13

11:23 AM

@Martin-マーチン soo ... re

Martin - マーチン

12:09 PM

@pH13 welkommen zurück

Y NO PATENTZ?????

5

Q: Citation style recommendation/standardisation

As our Resources for learning Chemistry thread is now established and is growing with input from many people around the globe, we have to deal with everyone's personal favored citation style. Orthocresol changed my citation style for the books to sth he likes but left all other answers untouched...

discussion faq-proposed

@Loong Y???

Loong

@Martin-マーチン ?

Martin - マーチン

@Loong PATENTZZZZ

Loong

Willst du ein Patent zitieren?

Martin - マーチン

ja

und ich hab nicht den blassesten eines schimmers wie das wieder geht

Loong

> Patent Owner 1; Patent Owner 2; etc. Title of Patent. Patent Number, Date.

pH13

12:13 PM

:o

Loong

> Sheem, S. K. Low-Cost Fiber Optic Pressure Sensor. U.S. Patent 6,738,537, May
18, 2004.

pH13

wie oft werden hier patente zitiert?

die sind eh meist nicht lesbar xD

Loong

> Lenssen, K. C.; Jantscheff, P.; Kiedrowski, G.; Massing, U. Cationic Lipids with Serine
Backbone for Transfecting Biological Molecules. Eur. Pat. Appl. 1457483,
2004.

@pH13 jetzt sind es hier schon zwei ;-)

pH13

ja hiiiiiier :P

Martin - マーチン

nix fett oder kursiv?

Loong

12:16 PM

@Martin-マーチン ja, dabei ist nichts fett oder kursiv. Es sei denn, man fügt noch den Verweis auf Chemical Abstracts ein

Martin - マーチン

öhm... nö

Loong

> Langhals, H.; Wetzel, F. Perylene Pigments with Metallic Effects. Ger. Offen. DE 10357978.8, Dec 11, 2003; Chem. Abstr. 2005, 143, 134834.

pH13

@Martin-マーチン molpro.net/info/2012.1/doc/manual/node193.html angeblich 0.08 Slater/Dirac ... is doch garantiert ein typo

Martin - マーチン

@pH13 hoffentlich ;)

@Loong baust du sowas noch in das meta ding mit rein? Pretty please?

pH13

im codedingsbumsmodus kann man nichts einfärben, oder? zB @Loong

Loong

12:25 PM

@Martin-マーチン Das kann ich gerne machen. Ich habe absichtlich nur das für uns Nötigste aus dem Styleguide abgeschrieben, damit wir nicht noch ein copyright-Problem mit der ACS bekommen.

Martin - マーチン

@Loong ich kann mir nicht vorstellen, dass es da ein problem geben sollte... die müssten doch eher froh sein, wenn wir deren regeln in die welt tragen...

Loong

@pH13 nicht dass ich wüsste. Dazu könntest du aber MathJax verwenden.

pH13

joa, aber ich wollts gern im Code haben

okilidokili

Loong

Mach das mit Farben aber lieber sparsam, damit es nicht wie so eine Einladung zum Kindergeburtstag aussieht, so wie sie M.A.R. immer bei meta schreibt.

Martin - マーチン

@pH13 geht abba nicht

pH13

12:29 PM

:C

Martin - マーチン

ﾟ+｡:.ﾟヽ(´∀`｡)ﾉﾟ...:::｡+ﾟ
ﾟ+｡:::...ﾟヽ(*´∀`)ﾉﾟ.:｡+ﾟ

pH13

ich will nur konsistent ein paar zahlen hervorheben

you'll see shortly

Loong

$\large{\color{red}{\heartsuit}\kern-4pt\color{blue}{\heartsuit}}$

Martin - マーチン

( ¬ ‿ ¬)

pH13

zum glück hab ich den kram für den chat noch nicht auf arbeit eingebaut xD

0

Q: Definition of the B3LYP functional throughout programs

I wanted to use custom functionals with Gaussian and came up with some interesting definitions of the B3LYP functional within Gaussian, Orca and Turbomole, ... $$\small\begin{array}{lcccccc} \hline & \text{Gaussian} & \text{ORCA} & \text{Turbomole} & \text{NWChem} & \text{Molpro} & \text...

computational-chemistry software

Loong

12:43 PM

@Martin-マーチン done – bitte überprüfen :-)

Martin - マーチン

Good question, I am looking forward to hear from the experts :D

@Loong YAY!

pH13

@Martin-マーチン hoffentlich gibt es welche

vllt kennt sich ja Geoff oder Wildcat damit aus

und ich hab mir vorhin meine bashrc zerschossen ...

ich hatte ja shcon von unserem admin und den damit verbundenen späßen mit den arbeitsrechnern erzählt

jedenfalls haben wir 10GB platz im home-verzeichnis

ich war vorhin bei 18GB

und da hat dann der rechner gestreitk und meine .bashrc ging - wie auch immer -.- ... - verloren

nu darf ich mir da alles neu reinschreiben xD

Martin - マーチン

ich konnte meine fingerchen nicht davon lassen :P

@pH13 OMG!!! Weltuntergang

ich kopier die immer auf so viele rechner wie möglich...

pH13

uuuh ... erratum ... ist natürlich ein gewagter vorstoß, da ich denke, dass ich es nur noch nicht verstehe xD

besser ist das auch

Martin - マーチン

du vermutest doch einen fehler oder nicht?

pH13

12:53 PM

irgendwie schon, aber ob meiner gewaltigen unwissenheit vermute ich tendenziell eher unverständnis bei mir

Martin - マーチン

das spielt ja keine rolle für die vergabe des tags...

pH13

na dann

Martin - マーチン

am ende heißt es dann vielliecht, es ist kein fehler, aber das ist dann schon okay...

gerade für den tag hätte ich eigentlich schon gern [tag:erratum?]

aber das geht ja nich...

pH13

wäre natürlich ideal

Martin - マーチン

erratum-questionmark

erratum-questionmark-questionmark

erratum-questionmark-questionmark-questionmark

Okay... mein saft ist alle... ich geh mal nach hause... vielleicht bis spöta

pH13

12:58 PM

jo, shcönen feierabend :)

Transcript for