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
No necesitas cambiar mucho tú codigo.
Tu problema no es en el terminador de strings, pero los terminadores de lineas.
int main() {
int i, cont = 0;
char a[50], b[50];
char aux[50] = "";
printf("ingrese cadena1: ");
fgets(a, 50, stdin);
a[strcspn(a, "\r\n")] = '\0';
...