// Leia o arquivo
$arquivo = fopen('seu_arquivo.csv', 'r');
// Pega todas as linhas do arquivo
while (($linha = fgetcsv($arquivo)) !== FALSE) {
// Armazena as linhas em um array de dados
$dados[] = $linha;
}
fclose($arquivo);
// Remove o primeiro elemento do array (ou seja, a primeira linha do arquivo que foi salva)
array_shift($dados);
// Faz novamente para removera segunda
array_shift($dados);
// Abre arquivo para escrita
$arquivo = fopen('seu_arquivo.csv', 'w');
// Escreve no arquivo as linhas salvas no array