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Você pode inseri-los na mesma chave, separando por virgula, depois, você trata o retorno como String e aplica o método split, passando a virgula como separador:
Exemplo:
prop.teste.excl = CQT-SUST,NATONE
E na hora de tratar:
String[] array = prop.getProperty("prop.teste.excl").split(",");
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