// Se isso é um array, o nome dessa variável está uma merda, hein! kkkk
// Bota um plural aqui, man
ModuloEmpresa = JSON.parse(request.responseText); // [7, 9, 2]
// Se você tem mais de 3 checkbox, como espera que o `i` exista em moduloempresa?
/*
for(var i = 0; i < modulos.length; i++) {
modulos.checked = (modulos.value == ModuloEmpresa[i]['Modulo_ID']);
console.log(ModuloEmpresa[i]['Modulo_ID']);
}*/
// assim é mais certo
Array.prototype.forEach.call(modulos, function (checkbox) {