@ViktorTomilov В доступном софте используются подходы, вроде предложенного мной вчера ? Или мне стоит развить идею ?

@Mike В прямом поиске не встречал.

*точном

@ViktorTomilov Кстати, а не точный, на сколько он не точный. там есть регионы паттерна которые типа N. На сколько велики "стабильные" (точно заданные) части и можно ли задавать переменную длину последовательности между ними (сравнение списков в принципе это позволит)

@Mike нечеткий поиск подразумевает некоторое количество отличий паттерна от фрагмента референса: это могут быть замены ...AGTCAGTCAGTC... vs AGGCAGTCTGTC : здесь две замены в паттерне; делеции когда из паттерна будто бы удалили букву или несколько по сравнению с фрагментом референса и инсерции, когда, наоборот вставили букву или несколько

Соответственно, задач нечеткого поиска бывает несколько: 1. найти фрагмент(ы) в референсе, куда паттерн подходит максимально похоже 2. найти все варианты совпадения паттерна с фрагментом референса с количеством ошибок, не превышающим заданного, включая точные совпадения 3. найти точечные мутации определенного вида (ищется конкретная замена)

кстати, поиск делеций считается самым сложным

делеция - это пропадание куска, т.е. например начало и конец паттерна есть, но они оказались рядом

тут все крутится похоже вокруг тех самых праймеров. если вдруг в паттерне все части слишком распространненные и пропала или исказилась та самая уникальная часть. подходящих вариантов могут оказаться тысячи

я пока думаю не первом этапе вообще не индексировать распространненные последовательности. какой смысл в получении списка 160к из 11 букв A

@Mike Да, именно так. Делеция может быть в одну букву, две и т.п. Их может быть несколько.