@Martin hast du zugang zu pccp?

meee biiii

wieder nur über marburg? ^^

ich habs - die frage ist nur, ob ich dir das paper schicken muss, oder ob dus dir selbst angucken kannst ;)

ja... armes Japan... kein geld f"ur RCS...

xD

kein geld für wiley...

ich glaub wir haben nur den japanischen krempel und ACS O.o

dx.doi.org/10.1039/C6CP00911E ... ist das paper von meinem postdoc. also das akzeptierte manuskript. muss noch gesetzt werden.

Ganz alleine geschrieben... da will wohl jemand habilitieren...

scheint wohl der plan gewesen zu sein, wenn ich das in der letzten zeit richtig verstanden habe

ist das der kerl der sich bei euch um die computer kümmert?

nope

das ist also ein anderer post-doc?

unser admin ist im prinzip postdoc, aber schon seit vielen jahren und bleibt das auch noch eine ganze weile ... also eher ein "normaler" mitarbeiter

der stephan sieht aus als wäre der ersti

ipc.uni-jena.de/Arbeitsgruppen/…

das bild von unserer seite? ^^

ja, genau das...

das ist schon relativ alt, glaub ich

und ich denke das der Dirk dann der für die PCs ist?

exakt

und ich werde regelmäßig aus der aufstellung gelöscht .. keine ahnung warum !!flip

(ﾉ*’ω’*)ﾉ彡┻━┻

wollte gerade fragen wo dein bild ist...

hatte bisher noch gar kein bild

O.o

du bist Master studi?

was dachtest du? :D

ja ne ich dachte das schon... jedenfalls war das irgendwie in meiner erinnerung so abgespeichert

aber du willst weitermachen?

@Martin-マーチン bisher ist der plan, hier in der gruppe zu promovieren

cool, cool :D

andere gruppen deutschland-/weltweit machen zwar spannenderes auch tolle dinge, aber die aktivierungsenergie ist zu hoch, sich danach wirklich umzuschauen

kann ich gut verstehen... außerdem umziehen...

bisher ist der plan, auf dem rutheniumkram weiter rumzureiten, aber es gibt immer mal andeutungen, dass auch andere projekte möglich sind ... ich würd lieber so organische moleküle betrachten, weil da mehr methoden vorhanden sind. die benchmarks, etc. sind auch alle nur für organik bzw bio-anorganik mit 3d-elementen.

aber wenn ich mit dem rutheniumkram weitermachen ... da hab ich mich ja jetzt auch so ein bisschen eingearbeitet ... dann versuche ich diverse benchmarks damit selbst zu machen.

bzw zusammen mit stephan

einfach machen...

als doktorand einfach erstmal machen... mach was dich interessiert... man wieß ja schließlich nicht was bei rum kommt

das rutheniumzeug ist schon ein sicherer hafen

benchmarks sind schön und gut, aber das ist ja so technischer schnick schnack... der macht doch auf dauer auch keinen spaß

naja... ein sicherer hafen ist das eine, was anstrengendes fürs hirn ist was anderes...

ja, aber ich will entweder sicher sein, dass b3lyp/6-31g(d) das am besten kann oder was andres nutzen, wenns das besser kann

und man sollte immer auf mehr als einem gebiet arbeiten... sonst stumpft man ab

ich hab ja schon von meiner liste erzählt ^^

@pH13-YetanotherPhilipp das ist ein sehr nobler gedanke ;)

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
20859 ab12cde   30  10 62.9g  18g 5336 R 2399.1 14.8  29779:06 l1002.exe

ja von deiner liste hast du mal was erzählt...

heißt das, dass er 62.9gb ram nutzt?

oder 18 von 63?

ich bin mir nicht ganz so sicher...

welches commando ?

welches kommando? das kommt aus top

ahh... ja, hab ich auch gerade gemerkt ;)

top - 10:35:08 up 161 days, 23:15,  1 user,  load average: 24.05, 24.04, 23.89
Tasks: 612 total,   2 running, 610 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s):  0.0%us,  0.2%sy, 99.8%ni,  0.0%id,  0.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:  132139424k total, 42501928k used, 89637496k free,   245380k buffers
Swap: 33554424k total,     6616k used, 33547808k free, 20629028k cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
20859 ab12cde   30  10 62.9g  18g 5336 R 2395.6 15.0  29845:22 l1002.exe

hmmm...

ich blicke gerade nicht durch

top ist auch nicht sonderlich übersichtlich, find ich

VIRT sollte der angeforderte speicher sein...

und RES?

und dann müsste RES des genutzte sein

gut, kommt hin.

jo... tut es

außer top zu beobachten hat man keine change, aus dem gaussian-output herauszufinden, wieviel ram er so im maximalfall braucht, oder?

doch eigentlich schon...

die einfachste option ist es das queueingsystem das machen zu lassen...

dafür brauchst du aber die statistik

die bekommst du, wenn du dir die e-mails liefern lässt...

@Martin-マーチン das hört sich jetzt irgendwie dynamisch an

das ist das einfachste vielleicht

im submitscript den schalter #PBS -m ae setzen, oder qsub -m ae abschicken...

mails kannst du dann mit mail anschauen...

ist das das, was man in den *.e* und *.o*-nachrichten bekommt?

das kommt darauf an wie das submitscript geschrieben ist

o und e sind nur die stdout und stderr

ok, also vermutlich nicht

im idealfall beide leer

das submitskript ist kein richtiges skript, sondern so eine anreihung von programmen, die über jobsubmit09 [options] input [chk] ausgeführt werden

du kannst während der Job im queueing system läuft auch qstat -f <id> | grep "resources_used" machen

resources_used.mem <- ist das der aktuelle wert, oder das bisherige maximum?

sieht so aus als wäre jobsumbit ein programm, welches das submitscript erstellt und anschließend an den scheduler übergibt und dann das submitscript wieder löscht

sollte das maximum sein

im gaussian output kannst du dann auch nachschauen grep "MaxMem=" <log>

ich weiß aber nicht welche einheit das ist... ob bit, byte, word oder wasauchimmer

@Martin-マーチン aber das sollte doch das sein, was ich ihm über %mem= gegeben habe, oder nicht?

nicht sicher... ich glaube, dass ist komplett, alles zusammengerechnet...

aber du könntest auch recht haben

hach herrje...

:)

ich mach grad opt=calcall mit einem kleineren system (642 basis functions) und da braucht ein durchlauf ~1.5 stunden

ja, also ich denke du liegst da richtig, dass MaxMem das limit ist

dann scheint g09 nicht zu schreiben wieviel er benutzt hat...

ist irgendwie nutzlos, das in den output mit reinzuschreiben ^^

@Martin-マーチン jop ... das wäre zu sinnvoll

jup...

gamess mach das... nbo macht das auch, wenn du ihm das beim compillieren beibringst :D

sehr vernünftig

in der tat...

bei gamess gibt es auch den testlauf modus, da rechnet er dir vorher aus, wieviel er braucht...

das ist mal praktisch sag ich dir...

nice ... ich kenne von gaussian nur, dass er einem basierend auf den basisfunktionen ausrechnet, wieviel ram er braucht, um die frequenzrechnung in einem batch zu absolvieren

hmmm... womit ich gerade nicht klar komme... ich gebe 1000MB speicher pro Professor und g09 schreibt MaxMem= 131072000 ... wie hat der das ausgerechnet?

und wieviele professoren?

16?

5

also nrpocshared=5 und mem=5GB

nee nproc=5 und mem=1000MB

aber ist bei gaussian nicht mem für insgesamt statt pro professor?

arghhhhhh.... gaussian!

was heißt das denn nun?

dynamic heißt alles?

wie gesagt, ich denke, dass %mem der gesamtspeicher ist

bin ich sicher

was für ein dämlicher mist...

%mem ist bei mir auf 2GB eingestellt. MaxMem ist dann im output 268435456 word (1word=8byte). 268435456*8/1024/1024/1024 = 2 gigabyte

okay...

und das ist nicht pro prozess

ich denke, dass das insgesamt ist.

echt zum kotzen...

Default is to use a total of   3 processors:
                                3 via shared-memory
                                1 via Linda

shared memory ... wird wohl sein, dass er sich den speicher aufteilt

jeder macht es wie er will...

bei turbomole ist es m.E. nerviger ... da kommts drauf an, ob man im SMP oder im MPI-modus arbeitet

bei SMP ist es gesamt, bei MPI pro kern ... das ist nervig

die erklären dir wenigstens was sie machen

:)

ja also du hast wahrscheinlich recht...

und ich verschwende massig speicher...

seit jahren...

scheiße!

ich buche mir meistens zu viel, weil ich gar nicht angemessen abschätzen kann, wieviel die rechnung braucht. aber meist nutze ich eh den ganzen knoten, weshalb das egal ist. kann eh keiner mit drauf.

so ... heute mal früher mittag

moin @Loong

@pH13-YetanotherPhilipp moin

Tach @Loong!

@pH13-YetanotherPhilipp ja meistens ist das nicht wirklich wichtig...ich hab aber hier nur den einen knoten und meine gamess rechnung braucht fast den kompletten speicher... da musste ich mich schon damit befassen wieviel speicher kann ich jetzt noch an andere rechnungen geben, bevor der abschmiert...

@Martin-マーチン auf jeden fall

hahahaha.... ich habe gerade festgestellt, dass ich alles richtig gemacht habe :D

xD also die ganze aufregung umsonst? ^^

ah ... ich hab gestern abend endlich mein SWAG in händen halten können!

@pH13-YetanotherPhilipp ja, weil das übernimmt mein script... dem gebe ich den speicher pro professor und dann schreibt er aber das richtige ins inputfile...

Und passt das shirt?

@Martin-マーチン sehr gut

Ich bin ja so sehr gewohnt hier XXL zu kaufen und das ist zu klein... da hab ich den fehler da auch gemacht...

:D

ist ein bissi groß lol...

ich hab eine M bestellt ... hoffe, dass es passt, habs aber noch nicht probiert

okay... freitag... ich bin schon wieder zu spät dran... bis die tage ;)

schönes wochenende :)

dir auch... ich hoffe es frühlingt gar sehr...

grad aprilt das wetter hauptsächlich

@Loong Eilmeldung! Extrablatt!

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