12:19 PM
@ViktorTomilov Какова длина паттерна, и на сколько вероятно, что произойдут такие изменения (которые надо зафиксировать и при этом считать последовательность все еще подобной) что в последовательности не останется (или почти не останется) нетронутых 11 буквенных частей (с любыми смещениями). Ну в общем вы поняли к чему я клоню, к поиску "интересных" регионов моим предыдущим методом
И не совсем ясно, что значит что изменения разделены хотя бы одной буквой, т.е. какая то одна буква после изменения должна сохраниться неизменной. Т.е. скажем для AATGCCAAA считать AA_GgCAAA подходящей (1 делеция + 1 замена), а AA_aCCAAA не подходящей (замена сразу после делеции)
А, да, и свисающие концы какого размера относительно стабильной части в середине паттерна