Mono y las patentes de Microsoft
La implementación de Mono de esos componentes de .NET no sometidos a ECMA para su estandarización ha levantado algunas preocupaciones por la posible violación de patentes de software durante la vida del proyecto. En particular, la discusión se desarrolló por si Microsoft podría o no destruir al proyecto mono mediante demandas sobre las patentes violadas.
En la actualidad existe un vivo debate sobre la (in)conveniencia de aceptar y usar Mono en la comunidad de desarrolladores de GNU/Linux. Los principales argumentos en contra de Mono son: mx