Você não precisa availar, para fins de colisão, os quadrados pelos quais a bolinha já passou.
Se sua bolinha está 'caindo' (vetor Y positivo), ignore os quadrados cujo Y+Altura sejam superiores à posição da bolinha.
Se 'subindo' (vetor Y negativo), ignore ignore os quadrados cujo Y sejam inferiores à posição Y + altura da bolinha.